Fachbereichsrechner Chemie: Neuigkeiten bei Hard- und Software

Helmut Mastal

Vor kurzem konnte für einen Benutzer der Chemie der dreihundertste Login-Name am Fachbereichsrechner eingerichtet werden. Damit hat sich der Fachbereichsrechner Chemie  SGI Power Challenge L (fbch.tuwien.ac.at) nach weniger als zwei Jahren Betrieb zu den gefragtesten der zentralen Server (abgesehen von den Studentenservern) entwickelt. Das ist umso erfreulicher als nach dem vorgesehenen Ausbau von Hard- und Software auf die R8000 Architektur vor ungefähr einem Jahr eine Phase der relativen Instabilität durchlaufen werden mußte. Um allen Benutzern - das Benützungsspektrum geht vom Größtbatch mit ca. einer Woche CPU-Zeit über Datenbankabfragen bis zu Internet-Services - einen möglichst hohen Bedienungskomfort bieten zu können, war einerseits das Konzept der mit Shared Memory verbundenen Superskalarprozessoren sowie das Anpassen von Hard- und Software an den tatsächlich sich ergebenden Bedarf wesentlich. Die weitere Zunahme der Großbatchbenutzer konnte durch den Einsatz der NQS-Erweiterung nqstart verkraftet werden, sodaß eine gerechte Verteilung der Ressourcen auf die einzelnen Arbeitsgruppen weiterhin gewährleistet ist.

Hardware-Erweiterungen

Nachdem bereits im ersten Betriebsjahr ein I/O-Erweiterungsboard angeschafft worden war, konnte der durch die Verwendung bestimmter Software-Produkte stark gestiegene Plattenplatzbedarf durch Zukauf weiterer Platten schrittweise erfüllt werden. Für die Cambridge Structural Database wurde eine 2 GByte Platte angeschafft, wobei die nicht benützten Teile für /tmp-Files verwendet werden. Für den allgemeinen Scratch /scr1 steht seit Anfang dieses Jahres eine 4 GByte-Disk zur Verfügung, wobei die bisherige 2 GByte-Platte zur Erweiterung des gestripeten Home-Bereiches /people auf insgesamt 6 GByte verwendet wurde. Schließlich kam im August noch eine 2 GByte-Platte für den Scratch-Bedarf von Gaussian (/scr2) hinzu. Da dieses Software-Paket einen Scratch-Bedarf in der Gigabyte-Größenordnung hat, werden Benutzerdirectories auf dieser Platte nur nach entsprechender Koordination mit Herrn Kickelbick (Inst. E 153) oder mit mir dort angelegt.

Optimierende Compiler

Im Juni wurden die Compiler für C, C++ und Fortran 77 (seriell und Power Fortran) sowie die entsprechenden Bibliotheken auf den Softwarestand 6.0.2 gebracht, während das Grundbetriebssystem IRIX 6.0.1 blieb. Diese Versionen erwiesen sich als sehr stabile Software-Produkte, die in den meisten Fällen optimalen Code für die R8000-Prozessoren erzeugen können. Mit den 6.0.2-Compilern wurden in der Folge eine Anzahl von Software-Paketen übersetzt und auf dem fbch installiert. So wurde Gaussian 94 (Revision B.3) als Nachfolgeprodukt von Gaussian 92/DFT zur Gänze mit der höchsten Optimierungsstufe -O3 -mips4 übersetzt. Der Geschwindigkeitsgewinn gegenüber Gaussian 92, das nicht für R8000, sondern nur für R4400 optimiert ist, beträgt durchschnittlich ca. 40%, geht aber bis zu einem Faktor 2. DFT ist in Gaussian 94 bereits inkludiert. Die entsprechende Umgebung erhält man mit dem Kommando startg94.

Sonstige Software

Als universelles Konvertierungsprogramm wurde Babel 1.1b1 installiert. Man kann damit eine große Zahl (u.a. CSD, GAMESS, Gaussian, Hyperchem, Mopac ...) von in Chemieprogrammen üblichen Input/Output-Formaten ineinander umwandeln. Mit babel erhält man eine Liste der unterstützten Formate, mit babel -m  ruft man menügestützt das Programm auf.

Das X Window-orientierte, menügeführte Fileübertragungsprogramm llnl xftp 2.0.4 ist neben einer Reihe von zentralen Servern jetzt auch am fbch verfügbar und wird mit xftp aufgerufen. Man-Page und Help-Funktion sind vorhanden.

Datenbanken

Die Cambridge Structural Database wurde auf den Stand V5.09 gebracht. Sie enthält damit auch die vollständige Brookhaven Protein Data Bank mit den dafür notwendigen Commands rasmol und pdbget. Um die Molekülstrukturen der mit quest gefundenen Proteine mit X Window darzustellen, gibt man folgende Command-Sequenz ein:

startcsd
(Setzen der Umgebung)
rasmol &
(läuft im Hintergrund zur Darstellung der Moleküle)
quest -j proteins -db PDB
(Durchsuchen der Protein Data Bank)
term x
menu full
(Quest Commands)

Durch Anklicken von HITALL&START kann man die Protein Data Bank sequentiell durchlaufen. In den letzten Tagen konnte die versuchsweise Installation der SpecInfo-Datenbank, die mit der Version 3.0.3 erstmals auch für das UNIX Betriebssystem IRIX des Fachbereichsrechners zur Verfügung steht, erfolgreich abgeschlossen werden. Damit kann diese Spektren-Datenbank, wenn die Hardware- und finanziellen Bedingungen geklärt sind, von VMS nach UNIX auf die Silicon Graphics Maschine überführt werden. Eine spezielle Bewilligung für die Benutzung von SpecInfo wird weiterhin notwendig sein, um die rein wissenschaftliche Nutzung sicherzustellen.

Informationen über diesen Fachbereichsrechner finden Sie im WWW unter URL:/museum/edvz/zserv/.

Zum Inhaltsverzeichnis, Pipeline 17, Oktober 1995